L'importance du microbiote intestinal (autrefois appelée flore intestinale)

La région abdominale est généralement associée aux fonctions d’assimilations et d’éliminations des aliments.

Le terme microbiote désigne l'ensemble des bactéries, levures, champignons, virus dans notre organisme, et le microbiome désigne le milieu de vie de ces colonies de bactéries. Elles se retrouvent partout sur notre peau, nos muqueuses: gorge, nez, vagin, etc. Le microbiote intestinal, qui abrite le plus grand nombre de bactéries de notre corps, était, et est encore parfois, appelé, la "flore intestinale". Son rôle est de nettoyer le tube digestif, de le protéger contre toutes agressions et de transformer le bol alimentaire en nutriments, en énergie dans l'organisme

Le microbiote est composé de près de 100.000 milliards de bactéries, soit dix à cent fois plus que l'ensemble de nos cellules! Il y a 1000 fois plus de bactéries à l’intérieur de nous que d’étoiles dans notre galaxie. Cet ensemble de bactéries est composé de 800 à 1000  espèces différentes et 90 familles.

Ces bactéries qui, avec les virus, constituent le microbiote,  renferment 3 millions de gènes, à comparer avec nos 20 000 gènes humains.  A l'image des groupes sanguins, chaque personne héberge une composition bactérienne intestinale particulière,les entérotypes. Leur différence réside dans leur capacité à transformer la nourriture en énergie.  Nous pouvons être répartis en 3 groupes selon la population microbienne vivant dans nos intestins baptisés .

Depuis une dizaine d’années, le rôle bénéfique des gènes a été identifié : elles aident à la digestion, à la bonne absorption des nutriments par les organes vitaux, apportent de l’énergie et luttent contre les virus et les mauvaises bactéries. C’est ce qu’on appelle la flore intestinale.

La flore est  unique pour chaque individu et se met en place pendant les 2 premières années. Tout est fonction des modes de naissance (naturelle ou césarienne, de l'allaitement, puis ensuite de l'alimentation, des conditions d'hygiène, de la prise de médicaments (antibiotiques), de la vaccination, de la pollution et de la vie moderne. Dans le ventre de la mère, le tube digestif est stérile, les bactéries s'installent lors de l'accouchement. Par voie naturelle, la flore intestinale du bébé sera l'héritage de la flore vaginale de la maman et atteint sa maturité à l'âge de 3 ans pour un enfant ayant allaité sa mère. Par césarienne, le bébé héritera alors de la flore de l'environnement hospitalier et il faudra atteindre en moyenne l'âge de 7 ans pour que la flore intestinale atteigne sa maturité.  L'intestin grêle possède une flore de fermentation alors que le gros intestin est doté d'une flore de putréfaction.

La plus grande partie est qualifiée de probiotique, c'est à dire qui favorise la vie, ce que l'on appelle simplement les "bonnes" bactéries, et un nombre moindre de bactéries pathogènes.

Le microbiote pèse en moyenne entre 1,5 kilos et 2 kilos (soit un poids plus lourd que le cerveau!) qui représentent près de 30% de nos selles.  près de 80% des bactéries de ce microbiote vit dans nos intestins et se nourrit de ce que nous avalons.

Sans le microbiote, une colonie de bactéries tapissant les quelques 400m2 de la surface intestinale, nous serions incapables d'assimiler certains aliments que seules les bactéries savent dégrader et transformer en énergie. On parle de symbiotisme car ni cette flore intestinale ni son hôte ne peuvent survivre l’un sans l’autre. Celle-ci se montre même capable de réguler l'expression de certains de nos gènes, et les chercheurs soupçonnent que de nombreuses maladies sont liées à des déséquilibres dans la diversité bactérienne.

Selon les recherches les plus récentes, les bactéries de la microbiote intestinale agissent sur la santé et l'efficacité du système immunitaire et peuvent même modifier notre structure génétique. Des études ont été menées afin d’étudier la composante génétique du système digestif. A ce jour, 3,3 millions de gènes bactériens (bonnes bactéries) ont été identifiés. Chaque individu renferme au sein de son système digestif 500 000 gènes bactériens versus 22 000 pour notre ADN. Ces bactéries sont propres à chacun, contrairement à l’ADN dont on retrouve une partie commune entre les membres d'une même famille.

Les bactéries interagissent constamment avec notre système nerveux central et jouent un rôle important sur notre fonctionnement cérébral, notre humeur et comportement. Des études réalisées à partir de souris sans germe dans le système digestif, puis ensemencées avec des flores déterminées montrent des variations dans le comportement suivant la nature des bactéries de la flore. Ces résultats indiquent l’importance de l’équilibre de la flore intestinale et donc de la diététique.

Les batéries jouent un rôle bien plus important que notre "premier cerveau", ayant même la capacité d'influencer son fonctionnement et influencer ainsi notre comportement!

De plus, le microbiote permet la synthèse de certaines vitamines essentielles (dont la vitamine B12, la vitamine K et l’acide folique). En décomposant les fibres que vous êtes incapables de digérer, les bactéries bénéfiques produisent des molécules d’acides gras à courtes chaînes, qui nourrissent les cellules du côlon.

Grâce, entre autres, à sa relation avec le Système Nerveux Entérique, le microbiote augmente l’immunité, contrôle l’inflammation, améliore les fonctions cérébrales, améliore l’équilibre hormonal et a un impact sur la santé du cerveau et du système nerveux.

Un important programme de recherche tente de séquencer l’ensemble du génome (appelé métagénome ou microbiome) de cet écosystème. Le but est de comprendre les interactions existantes entre les bactéries intestinales et leurs relations avec le génome humain. 

Chaque individu héberge un microbiote qui lui est propre, en fonction de son génome, de son environnement et de ses habitudes alimentaires. Cet écosystème individuel devient l’objet de toutes les attentions car le profil génétique de notre microbiote pourrait jouer un rôle majeur à côté de notre propre génome dans le développement de pathologies telles que les maladies inflammatoires ou l’obésité, ou dans la réponse aux traitements médicamenteux. Elles jouent un rôle sur de nombreux désordres dont l’origine de certaines pouvait auparavant être attribuée à des pathologies du cerveau.

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